蛋白純化要利用不同蛋白間內(nèi)在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來除去非蛋白物質(zhì)的污染，而利用各蛋白質(zhì)的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學(xué)活性都會(huì)有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來得到重組蛋白。
蛋白的純化大致分為粗分離階段和精細(xì)純化階段二個(gè)階段。一般蛋白純化采用的方法為樹脂法。粗分離階段主要將目的蛋白和其他細(xì)胞成分如DNA、RNA等分開，由于此時(shí)樣本體積大、成分雜，要求所用的樹脂高容量、高流速、顆粒大、粒徑分布寬．并可以迅速將蛋白與污染物分開，必要時(shí)可加入相應(yīng)的保護(hù)劑（例如蛋白酶抑制劑），防止目的蛋白被降解。精細(xì)純化階段則需要更高的分辨率，此階段是要把目的蛋白與那些分子量大小及理化性質(zhì)接近的蛋白區(qū)分開來，要用更小的樹脂顆粒以提高分辨率，常用離子交換柱和疏水柱，應(yīng)用時(shí)要綜合考慮樹脂的選擇性和柱效兩個(gè)因素。選擇性指樹脂與目的蛋白結(jié)合的特異性，柱效則是指各蛋白成分逐個(gè)從樹脂上集中洗脫的能力，洗脫峰越窄，柱效越好。僅有好的選擇性，洗脫峰太寬，蛋白照樣不能有效分離。
主要方法：
（1） 根據(jù)分子大小不同的分離方法：透析和超過濾（利用蛋白質(zhì)分子不能通過半透膜的性質(zhì)）；密度梯度離心（蛋白質(zhì)在介質(zhì)中離心時(shí)質(zhì)量和密度較大的顆粒沉降較快）；凝膠過濾（一種柱層析）
（2） 利用溶解度差別分離：等電點(diǎn)沉淀法（由于蛋白質(zhì)分子在等電點(diǎn)時(shí)凈電荷為零，減少了分子間靜電斥力，因而容易聚集沉淀，此時(shí)溶解度?。?；鹽溶與鹽析（利用一定濃度鹽溶液增大或減小蛋白質(zhì)的溶解度）
?。?） 根據(jù)電荷不同的分離方法，主要包括電泳和離子交換層析分離；
（4） 蛋白質(zhì)的選擇吸附分離（利用顆粒吸附力的強(qiáng)弱不同達(dá)到分離目的）
?。?） 根據(jù)配體特性的分離——親和層析（利用蛋白質(zhì)分子與另一種稱為配體的分子能夠特異而非共價(jià)地結(jié)合這一生物性質(zhì)）
(6) 低溫有機(jī)溶劑沉淀法: 用與水可混溶的有機(jī)溶劑，甲醇，乙醇或丙酮，可使多數(shù)蛋白質(zhì)溶解度降低并析出，此法分辨力比鹽析高，但蛋白質(zhì)較易變性，應(yīng)在低溫下進(jìn)行。
